过氧乙酸可用于食品产品的喷洗以及冷却水的消毒。作为一种消毒剂，因为它不会产生有害产品，所有广受市场欢迎。和其他消毒剂一样，保持有效的残余量是有效控制病菌的关键。PAA探头是一种采用电流法测量的探头，通过可透性隔膜与水隔离。当PAA穿过隔膜，它就会和电极接触，并在其表面还原。净效应是探头生成与PAA浓度成比例的电流。PAA探头需要待测水样具有稳定的流速在感应元件的顶端穿过隔膜。测量时，要对样品进行搅拌，因为PAA探头不能在静态水样中运行。

目前，臭氧是仅次于氯的最广泛使用的饮用水消毒剂。尽管它在拥有高度完整的供水管网系统的工业国家限制使用。臭氧处理改进了凝固工艺，尽管它有自身的弱点，即在给水系统的实际使用中，没有残余。但是，在给水系统中，臭氧不能对二次污染进行保护。它通常是用于市政供水氯化之前对原水进行预处理，这样就不需要投加大量的氯了。尽管臭氧处理能有效的对水进行消毒，但是，由于成本过高，它不适用于大多数发展中国家，因为需要对基础设施进行运营和维护，而且要在给水系统中进行二次保护。

尽管其试剂成本很高，但在水消毒工艺方面，溴化物正在逐步地取代氯化物。用于消毒时，与氯化物相比较，溴化物有许多优点，包括高PH值，高温条件下低挥发性以及防腐性差等。